Szczepionka jest lekiem pochodzenia biologicznego. Oznacza to, że wszystkie szczepionki są szczególnie wrażliwe na warunki przechowywania i transportu, głównie na zmiany temperatury. Od momentu wyprodukowania do momentu użycia szczepionka powinna być przechowywana w warunkach tzw. „zimnego łańcucha”, co oznacza temperaturę między +2 a +8 stopni. Dla większości szczepionek równie niekorzystne jest zamrożenie jak przegrzanie. Szczególnie źle wpływa zamrożenie na szczepionki w postaci płynnej. Podanie szczepionki, która była nieprawidłowo przechowywana lub transportowana może spowodować poważne zagrożenie dla zdrowia a nawet życia.
Szczepionka kupowana w aptece powinna być w jak najkrótszym czasie przetransportowana w opakowaniu zabezpieczającym przed zmianami temperatury do miejsca użycia (gabinet szczepień) lub umieszczona w lodówce, jeśli wizyta w punkcie szczepień jest w późniejszym terminie. W lodówce należy umieścić szczepionkę na środkowej półce zabezpieczając przed dosunięciem do tylnej ściany lodówki (grozi zamrożeniem) oraz uszkodzeniem opakowania (zamykana torebka foliowa). Nie należy szczepionki umieszczać na drzwiach lodówki, ponieważ są tam narażone na największe wahania temperatury. Nigdy nie należy umieszczać szczepionek w zamrażalniku lub zamrażarce.
Szczepionki mogą być transportowane bez specjalistycznych opakowań, wyłącznie jeśli temperatura powietrza nie przekracza 25 stopni C przez czas do 30 minut. Jeśli transport jest dłuższy lub temperatura powietrza wynosi powyżej 25 stopni C, konieczne jest zastosowanie opakowania termoizolacyjnego (np. termotorba, pudełko ze styropianu z wkładem chłodzącym, termos).
Lekarz lub pielęgniarka, którzy mają wykonać szczepienie powinni upewnić się, czy szczepionka była przechowywana i transportowana przez pacjenta zgodnie z zaleceniami producenta. Jeśli nie ma pewności co prawidłowości tych procedur lub jeśli ewidentnie doszło do naruszenia zasad „zimnego łańcucha” szczepionka nie może być podana. Jeśli błąd jest po stronie pacjenta należy szczepionkę zniszczyć zgodnie z lokalnymi procedurami, jeśli niewłaściwa była informacja farmaceuty, szczepionkę należy zwrócić do apteki.